(47)--生命医学信息检索在科研设计与选题中的作用.pdf

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1、教育教学论坛EDUCATION TEACHING FORUM2019 年 2 月第 7 期Feb.2019NO.7生命医学信息检索在科研设计与选题中的作用摘要：科研设计与选题是研究生培养的重要内容，是研究生进行独立科研必须掌握的重要环节。本文介绍了科研设计与选题现状，基于信息检索为基础的科研设计与选题对策。通过信息检索帮助学生快速了解研究方向、研究课题的选择与学生兴趣、导师选择、对导师研究方向的了解、对课题组、学院的研究方向的了解、当前的研究热点、重点、检索核心文献、研究课题的研究背景、当前的研究现状及可能的发展趋势，从而自主、科学地完成科研设计与选题。关键词：信息检索；科研设计与选题；教学改

2、革中图分类号：G642.0文献标志码：A文章编号：1674-9324（2019）07-0001-05收稿日期：2018-07-09基金项目：同济大学研究生教育改革与研究项目：“基于大数据支撑的科研设计与选题课程建设”（2018GH16006），“围绕一个核心，两个重点进一步提升研究生培养质量的探索与实践”（2018GH160）作者简介：陈平（1972-），男，副教授、博士，研究方向为大学教育改革。科研设计与选题是一个创造性的思维过程，是一项灵活的科学研究，是经济价值、理论价值、学术价值、社会价值的综合显现1。生命医学科学研究中存在着大量可供选择的科学问题，科研设计与选题有多种来源、多条渠道的选

3、择。目前科研选题时多根据导师已有课题、导师制定或师兄、师姐所做课题的延续，学生自己的想法少，很少有研究生自主设计、研究完成课题。本文依据信息时代大数据为基础，结合导师实验室的研究方向，学生自主检索相关文献，了解课题研究背景、当前研究现状及可能发展趋势，再结合自己的兴趣，设计自己的研究课题，充分发挥学生自己的主观能动性。一、科研设计与选题现状（一）课程体系建设不完善，学生重视程度不够在读研的第一学期，各高校基本开设了科研设计与选题的相关课程，就论文如何写作、英语阅读等进行讲解，然而涉及到课题设计与选题这一块，大多是介绍选题原则、方法与技巧、科研设计的要素如临床上研究对象、受试对象标准化，科研设计

4、的基本原则如随机化原则、设立对照的原则、盲法的原则等，这些大多理论性的讲解学生还是无法融会贯通，有效地结合实验室研究方向设计自己研究课题2，3，有些授课老师则主要讲解各自实验室的研究方向，对于其自己实验室学生相对有用，但大多数同学因为和自己研究方向相差甚远，听课积极性不大，授课效果大打折扣。另外，由于各导师实验室差异，学生重视程度也不够，导致研究生毕业时还不能很好地进行课题设计与选题，目前多数高校导师招收研究生、博士生的前提是必须要有相应的研究经费，而研究经费一般均是申请到的相关课题，所以招了研究生之后，基本上都是做现有的课题，导师将标书等给了学生，学生只要照着标书进行相应的实验即可，有些导师

5、招收学生较多，在课题研究上基本上是申请到的同一课题的不同研究方向，或者是高年级学生课题的进一步深入，所以授课时部分学生不重视，如果不布置相应的作业，学生基本不会去认真学习如何进行科研设计与选题，而对于研究生培养，没有进行规范科研设计与选题学习，不利于以后独立地从事科研工作。（二）学校的政策规定落实不到位高校管理部门都很重视研究生培养环节，为了提高研究生培养质量，研究生院从选题、过程监控、答辩、论文格式都制定了详细的规范，同时抽取部分学生毕业论文进行盲审，论文盲审不过关不能拿到毕业证，然而在实践过程中往往没有落实到位。由于并不是每篇论文都进行盲审，存在毕业论文质量不过关也拿到毕业证的现象，这给了

6、部分学生一些侥幸心理，在课题研究尤其是科研设计与选题环节投入的时间和精力都大打折扣。（三）部分科研设计的选题过于陈旧，创新性不足更为重要的是，部分导师对于学生的科研设计选题不够重视。最主要的就是体现在学生科研选题大多是“陈年老题”，有些导师带的学生较多，为了应付学校的规定，也只在表面上进行修改，内容换汤不换药，导师倒是轻松了，可学生不感兴趣，自然也就敷衍了陈平，刘艳，龚璐璐，李珊，王红兵（同济大学生命科学与技术学院，上海200092）【特别关注】1-教育教学论坛EDUCATION TEACHING FORUM2019 年 2 月第 7 期Feb.2019NO.7事，以通过为原则。这就造成了许多

7、学生借用上几届学生的研究结果，发生论文抄袭现象，所以对于研究生培养及学位论文质量提升方面一定要强化导师岗位意识、设立研究生创新项目、加强学术道德和学术规范教育、提高论文双盲评审比例、建立论文中期考核制度、完善自我评估制度等，尤其是源头上注重科研设计与选题，加强学生自主课题设计能力的培养4。二、基于信息检索为基础的科研设计与选题对策科研选题包括确定研究方向和选择具体研究课题。研究方向，是指研究人员在一个较长时期从事研究活动的工作方向，它规定了研究者在一个时期内的研究领域和内容。研究课题则是指科学领域中尚未认识和尚未解决的具体问题。而具体到研究方向、研究课题的选择与学生兴趣、导师选择、对导师研究方

8、向的了解、对课题组、学院的研究方向的了解、当前的研究热点、重点、检索核心文献、研究课题的研究背景、当前的研究现状及可能的发展趋势与科研设计与选题都有着紧密联系，如何借助信息检索了解以上情况对于自主、科学地完成科研设计与选题有着重要作用。（一）通过信息检索帮助学生了解自己的“真正的科研兴趣”方向兴趣是最好的老师，在研究生阶段从事自己感兴趣的专业研究，会对未来的学习研究提供很大的助力，但感兴趣的前提是对研究方向的了解，如果没有深入了解，只是停留在表面上，与距离所从事的感兴趣科研相差甚远。目前多数同学考研的现状是在报考研究生前，学生对自己想报考的专业方向一般都会有一个大致范围，先定个自己心仪的高校，

9、进了高校后读差不多的专业方向即可，没有深入细致了解专业方向是否是自己想要从事的科研方向。少数同学读了研究生以后发现是自己感兴趣的专业，大部分学生觉得专业方向也还可以，研究着就感兴趣了，也有少数同学发现读了研究生，深入了解专业方向后不是自己想要读的专业，发生转专业的情况，甚至发生退学现象。例如：有位学生本科读的是非生命医学专业，但他立志要通过自己的努力，攻克肿瘤难题，为人类做贡献，研究生时通过自己的努力考上了生命学院，从事肿瘤基础研究，当学习了解之后，发现自己对动手做实验不感兴趣，实在坚持不下去只好转专业方向。如何发现自己科研兴趣，最好的方法是先通过信息检索，阅读相关文献，发现相关科学问题，再通

10、过检索、阅读文献，找到可能解决问题的方法，且这个方法是可以通过当前或随着科学技术的发展能够实现。如肿瘤学是一个大的研究方向，从疾病部位的角度分有肝癌、肺癌、前列腺癌等，肝癌根据发生的早、晚又分为早期、中期、晚期等，对于不同时期的癌，其发生发展的病因学、诊断、治疗等又有着显著不同，如肝癌的发生是单一遗传因素还是遗传、环境等多方面因素共同作用的结果？有没有表观遗传因素的影响，信号通路中的关键靶点哪些可通过药物阻断，如何提高阻断药物的作用效果等都是值得深入研究的课题。如自己有计算机编程方面的特长，又想从事肿瘤学研究，可考虑计算机药物辅助设计这一方向。这种通过检索、大量阅读文献、深入了解后的“兴趣”才

11、能称为“真正的科研兴趣”方向5。（二）通过信息检索帮助学生选择导师并快速了解导师的研究内容及方向导师负责制是当前研究生教育的主要制度之一，导师作为研究生教育的第一责任人，所提供的指导行为对研究生的学习、科研，乃至思想道德的培养等均发挥着重要作用6。陈海波等报道研究生选择导师时主要从导师指导的认真负责程度、导师的人格魅力、与研究生的沟通交流次数成为研究生选择导师最关注的属性7。陈新等报道利用科研基金数据辅助研究生进行导师选择是一种个性化选择的新策略，可以借助国家自然科学基金公共网络资源，分析比较各所院校及各个导师间的科研能力，从而做出相对合理的选择，帮助学生确立专业方向，尽快适应科研学习生活8。

12、知道自己感兴趣的研究方向，如何选择导师，最好的方法是先通过检索了解哪位作者在此研究领域有较深入研究。例如：有位学生想从事前列腺癌方面的研究，他只想到上海，且希望是近五年发表文献最多的作者。中文可通过检索中国生物医学文献数据库，具体检索方法可参考相关检索数据库，从图1检索结果中可看出上海地区近五年共发表了443篇前列腺癌方面的文献，图1中共列出了发表论文最多的前十位作者，其中发表最多的作者为孙颖浩，共发表了50篇，从图1中还可看出近五年发表文献较多的前几位作者。也可检索外文数据库了解近几年发表SCI论文最多的作者，还可以检索某领域发表的论文被引用最多的论文，从而找到相应的作者，结合课题等帮助学生

13、选择导师。如何了解导师的研究内容及方向，最好的方法是先通过检索导师发表的文献，通过阅读文献了解导师的研究内容及方向。（三）通过信息检索帮助学生快速了解学校、学院的研究重点方向尽管也有部分文献介绍学院、课题组的研究重点方向，或通过相应网站了解学校、学院的研究重点方向，但如果要了解高校的学科优势或某一学科哪个高校较强时仅检索文献远远不够了。如要了解同济大学优势学科除了网络上查到的高校学科排行榜外，通过检索同济大学发表的SCI论文也是一种重要途径。通过检索Web of Science数据库，具体检索方法可参考相关检索数据库，从图2检索结果中可看出近五年同济大学发表SCI论文最多的几个专业方向分2-教

14、育教学论坛EDUCATION TEACHING FORUM2019 年 2 月第 7 期Feb.2019NO.7的研究课题科研工作者阅读大量文献了解自己研究领域的热点、重点、难点问题，并结合自己的研究基础设计研究课题，初次进入某一研究领域的研究生因为时间限制，如何尽快了解某一领域的研究热点、重点并结合导师的研究方向对于设计自己的研究课题尤其重要。了解某一领域当前的研究热点、重点常用方法有：利用文献计量学方法从主题词和关键词词频分布角度对该领域研究有关的文献进行分析，并结合内容分析可对研究重点和热点进行归纳9；对国家自然科学基别为工程学、材料科学、化学等，同样检索可看出近五年复旦大学发表SCI论

15、文最多的几个专业方向分别为化学、肿瘤学、科学技术及其他等。同样检索，从结果中可得出中国研究前列腺癌发表SCI论文最多的几个单位分别为上海交通大学、北京大学、复旦大学等。（四）通过信息检索帮助学生结合导师的研究方向及当前的研究热点、重点，检索核心文献确定自己图1中国生物医学文献数据库前列腺癌上海地区近五年发表文献结果分析图2Web of Science数据库同济大学近五年发表文献的研究方向分析3-教育教学论坛EDUCATION TEACHING FORUM2019 年 2 月第 7 期Feb.2019NO.7图3中国生物医学文献数据库肿瘤检索结果分析金资助某领域研究项目进行分析，也可侧面了解当前

16、该研究的重要领域和热点10。下面从文献检索的角度介绍快速了解某领域的研究热点和重点。如想了解哪种肿瘤研究报道的文献最多，常用方法有：在中国生物医学文献数据库（CBM）中对具体肿瘤，如肝肿瘤，肺肿瘤等进行检索看文献报道篇数；也可直接用主题词（肿瘤）进行检索，通过时间等限定，在结果分析中直接在主题栏中可看出乳腺肿瘤报道文献最多，其次是肺肿瘤、肝肿瘤、胃肿瘤（图3）。核心文献，或者参考价值高的文章，不在于作者是什么级别的，不在于文章发表于什么等级的期刊，更不在于杂志的影响因子多高。最核心的原则只有一个，就是单位时间内，被全球其他学者引用的次数。如通过维普中文科技期刊数据库检索2014年以后“肿瘤”文

17、献被引次数排序。（五）通过信息检索帮助学生快速了解研究课题的研究背景、当前的研究现状及可能的发展趋势文献综述是在确定了选题后，在对选题所涉及的研究领域的文献进行广泛阅读和理解的基础上，对该研究领域的研究现状（包括主要学术观点、前人研究成果和研究水平、争论焦点、存在的问题及可能的原因等）、新水平、新动态、新技术和新发现、发展前景等内容进行综合分析、归纳整理和评论，并提出自己的见解和研究思路而写成的一种不同于毕业论文的文体。它要求作者既要对所查阅资料的主要观点进行综合整理、陈述，还要根据自己的理解和认识，对综合整理后的文献进行比较专门的、全面的、深入的、系统的论述和相应的评价，而不仅仅是相关领域学

18、术研究的“堆砌”11。对于研究生来说要想快速了解研究课题的研究背景、当前的研究现状及可能的发展趋势，最好的方法是阅读该研究领域的综述，一般的做法是，可先检索中文文献，阅读包括综述在内的十到二十几篇最新相关文献，对该领域有了基本的了解，再检索外文文献，同样阅读包括综述在内的十到二十几篇最新相关文献，通过阅读以上数量的中、外文相关文献，基本是对该领域有了基本了解，再检索几篇影响率高，被引频次多的中、外文密切相关文献进行细读，达到掌握该领域重点知识，全面了解该领域相关内容，可以提出相关问题，结合实验室研究方向及现有实验条件，设计科研课题。（六）信息检索在完成课题设计方案中的作用对于一名研究生来说，科

19、研设计与选题是其研究生培养过程中不可或缺的重要环节，是今后自主科研的基础。通过以上环节，了解了课题组的研究方向，课题组研究领域当前的研究重点、热点、难点，根据课题组的研究基础和实验室的基础条件，可以进行课题设计与选题了，然而如何撰写课题设计与选题方案、如何根据方案准备预实验、如何选择合适的研究方法及研究手段等均是研究生面临的重要任务，信息检索在这些过程中均起到非常重要的作用。在撰写课题设计与选题方案中可根据相关基金申请框架要求检索相关信息资料做参考，常规的课题研究背景及意义可通过检索、阅读、参考中外文文献做参考，此处重点介绍如何根据课题方案准备预实验、如何选择合适的研究方法及研究手段及初学者该

20、了解哪些实验技术及方法。最好的方法是检索相关主题的硕、博士论文，参考其他作者采用的研究访求及手段，且硕、博士论文中有详细的实验方案，可参考相4-教育教学论坛EDUCATION TEACHING FORUM2019 年 2 月第 7 期Feb.2019NO.7The Effect of Biomedical Information Retrieval in Scientific Research Design and Subject SelectionCHEN Ping,LIU Yan,GONG Lu-lu,LI Shan,WANG Hong-bin(School of Life Science

21、 and Technology,Tongji University,Shanghai 200092,China)Abstract:Scientific research design and subject selection are the important content of postgraduate cultivation,theimportant part of graduate students independent research also.This paper introduces the present situation of researchdesign and s

22、ubject selection,based on information retrieval,research design and subject selection strategy.Biomedicalinformation retrieval can help students quickly understand the direction of research,subject selection,their owninterest,how to choose the tutor,the direction of the tutors research,the research

23、direction of the project group and thecollege,the current research hotspot,the key point,core literature,background,current research situation and thepossible development trend,so as to complete scientific research design and topic selection independently andscientifically.Key words:information retr

24、ieval;scientific research design and subject selection;educational reform关实验方案完成预实验。例如：有位研究生确定做前列腺癌表观遗传学方面的课题，根据实验室现有的研究基础，具体想研究组蛋白甲基化酶在前列腺癌中的功能及机制，经检索万方数据库，其中有一篇博士论文很相关“组蛋白H3K27去甲基化酶JMJD3在转移性及去势难治性前列腺癌中的功能及机制研究”，该论文以遗传小鼠作为模式生物、通过细胞生长、细胞迁移、克隆形成等分子/细胞生物学实验、病人样品分析等实验手段阐明了前列腺癌高侵袭性转移和对雄激素剥夺疗法抵抗的分子机制，论文中

25、对相关实验方法进行了详细描述，尽管该研究生研究的是其他酶在前列腺癌中的功能及机制，但此博士论文中的实验技术、方法可借鉴，为研究者提供了思路12。三、结语检索是科研设计与选题的基础，只有掌握文献检索的途径，才能更有效地收集到与科研设计与选题的相关文献资料，只有所检索的文献资料切题、充足，并能充分利用这些资料，借鉴前人的研究成果，才能设计出具有创新性的科研课题。参考文献：1曾广波.马克思的人力资本思想及其当代价值研究D.湖南大学博士论文,2016-03-28.2吴君华,陈兴林,葛飞.从科研项目中选题来提高本科毕业设计质量J.科技经济市场,2015,(3):209-210.3何作云.科研选题与设计J

26、.重庆医学,2008,37(24):1,附30.4 李瑞娇.H大学研究生学位论文质量调查及对策研究D.河北大学硕士论文,2017-06-01.5陈平,曹志伟,刘志学,苏雅娟,王美艳.谈“特色阅读讨论课程”的设置J.教育探索,2012,(9):38-39.6张永军,于瑞丽.研究生导师指导研究及思考J.教育与教学研究,2016,(9):33-37.7陈海波,胡智愚,陈丽珍.研究生导师选择偏好关键因素的实证研究J.黑龙江高教研究,2017,(6):140-143.8陈新,赖其伦,王怡栋,盛弘强.医学生如何利用科研基金公共数据库合理选择研究生导师一种新的个性化分析策略J.中国高等医学教育,2013,(2):124-125.9李彬,刘延芳,倪荣丽.基于词频和内容分析的国内外“双向转诊”研究重点、热点呈现J.中国卫生事业管理,2010,(4):230-232,239.10杜超楠,袁勤俭,岳泉.我国隐私问题研究现状及热点主题分析基于2004-2016年国家自然科学基金立项数据的研究J.情报科学,2018,(3):99-104.11文献综述Z.百度百科,2018-07-07.12蒋敏.组蛋白H3K27去甲基化酶JMJD3在转移性及去势难治性前列腺癌中的功能及机制研究D.中国科学院上海生命科学研究院博士论文,2016.5-