蛋白质组学读书报告.docx

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1、Proteomics of cell - cell interactions in health and disease一读书报告“在健康与疾病中细胞与细胞相互做用的蛋白质组学”，是由Rafael S. Lindoso等在proteomics上发表的一篇综述，主要关于人类健康与疾病中, 采用蛋白质组学的手段讨论细胞间相互做用或通讯机制，进一步达到疾病治疗的 目的。同时，细胞相互作用的蛋白质组学，促进我们对干细胞如何在受伤的组织 中作用的理解，猜测合理的干涉治疗。目前，蛋白质组学常用于关心我们了解常 见病理机制。最新讨论成果显示，细胞通讯机制除分泌化学信号、细胞间接触和旁分泌的 3种形式外，还可

2、以通过胞外囊泡释放，进入微环境与另一种细胞实现沟通。该 综述对这一蛋白质组学的新兴领域做出了进一步的研讨。第一部分，该综述介绍了配体与受体相互作用的讨论方法以及蛋白组学上的 相关分析。其中主要的讨论方法有：生化和蛋白质组学的联合，如亲和纯化, 加上多维的液相色谱/质谱和生物信息学的组合；同一个分子生物素标记的进 一步纯化和质谱定量分析；微基配体与微孔板培育技术。止匕外，描述了蛋白质 组学在损伤细胞与干细胞或骨髓间充质干细胞相互作用领域的快速进展。其次部分，主要是通过细胞培育稳定同位素标记或细胞特定类型氨基酸前体 (CTAP)的特异性标记来说明差异性表达的蛋白质。并且作者论证了激酶介导的 酪氨酸

3、残基磷酸化的不同，取决于细胞受可溶性因子的刺激程度或通过细胞与细 胞间的直接接触传递信号的强弱。作者主见建立一个质谱数据库，用于差异表达 蛋白的比较和识别以及分泌特性的讨论，目前主要是基于肽序列和蛋白质组元件 相互作用的可能性分析。第三部分，列举了用于细胞通讯和其他讨论的蛋白质组学工具。目前，在通 讯途径上主要的讨论方法是基于质谱的蛋白质组学方法。该方法供应蛋白质存在 于细胞、组织或介质中、蛋白水平变化的测量以及翻译后修饰的相关信息。其中 包括：MALDI TOF、nanoLC-MS/MS, nanoLC-MS/MS是最广泛使用的基于MS的蛋 白质组学定量分析。在蛋白质分别中，最被广泛使用的是

4、基于凝胶的蛋白质组学 (2DE)和无凝胶蛋白质组学，它可以把蛋白质或多肽从一个简单的样品的的分 别。结合质谱，生物信息学，并初步还原数据库的信息，对于早期蛋白质组学讨 论是特殊有用的。止匕外，跨物种的蛋白质组学讨论已经在各种蛋白质组领域作为 一个整体，尤其是在细胞相互直接接触的条件下。第四部分，囊泡和非编码RNA在细胞通讯中的分泌与介导作用。分析从前列 腺癌细胞提取EVS治疗的正常前列腺细胞蛋白水平的表型变化。作者表明，在正 常细胞和癌细胞之间通过EVS发生双向的信息沟通，一方面导致恶性表型的逆转, 另一方面促进疾病讨论进展。定量蛋白质组学的策略好像是表征通过EVS传递 miRNA的直接目标的

5、重要工具。下面是疾病讨论中与信号转导相关的蛋白质组： 在体外，心肌梗死和缺血性肾损伤模型转变信号转导的蛋白质组，是不需进行预 先假设便可讨论发生在翻译后修饰、蛋白-蛋白相互作用，及蛋白表达变化的独 特方法。缺血后干细胞介导再生的蛋白质组，如：间充质干细胞的蛋白质组学分 析表明，它包含了一些细胞因子和生长因子，诱导细胞增殖，刺激血管生成，作 为一个组织再生的重要机制。蛋白质组学通过以质谱为基础的分析检测技术成为讨论细胞通讯机制的独特 方法。先进的技术相结合的样品制备，敏感质谱采集，并使用合适的生物信息学 工具，蛋白质组学讨论尽管有肯定的局限性，但对我们的发觉和理解细胞-细胞 和蛋白质-蛋白质相互

6、作用，以及疾病模型构建与分析，同时供应有效的治疗方 法，因此蛋白质组学分析，是目前生物科技进展领域的重要方向。阅读文献：Rafael S. Lindoso, Vanessa Sandim, Proteomics of cell - cell interactions in health and disease, proteomics. 2022, 16, 328 - 344.相关专出名词：EVS胞囊IGS基因间区IL白细胞介素CM条件培育基PRDX过氧化物酶EMT上皮间质转化HPLC高效液相色谱IRI缺血再灌注损伤IPS诱导多能干细胞TGF-0转化生长因子IGF胰岛素样生长因子MSCs骨髓间充质干细胞VEGF血管内皮生长因子LC-MS液相色谱质谱联用Akt激酶和激酶通路之一ICAT,同位素标记的亲和标签2-D DIGE荧光差异双向电泳技术iTRAQ同位素标记相对和肯定定量SILAC细胞培育稳定同位素标记技术2D-nano-MS二维纳升液相色谱质谱联用系统MALDI-TOF-MS基质帮助激光解吸电离飞行时间质谱LC-MS-MS液相二级质谱，是将经过第一次质谱检测的离子以某种方式碎裂后再 进行质谱检测。SCX （强阳离子交换）是一类以单分散无孔聚合物微球为基质的高效离子交换色 谱柱，它是为快速和高效的分别分析蛋白质和多肽而设计的