primer6.0引物设计教学教程.doc

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1、.primer 6.0 引物设计教程首先，需要知道基因序列，如，我们要设计 rat的 CK18 mRNA检测的引物，我们先到 http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/ 这个网站查找 CK18 mRNA的基因序列，首先选择 Nucleotide 然后在搜索栏输入基因序列号（如果不知道基因序列号则输入 rat CK18）如图然后点击搜索，就会出现 rat CK18 mRNA的基因序列.现在，往下拉就会看到基因序列将这个序列复制到 primer 6.0中就可以进行引物设计，我们先打开 peimer 6.0基因序列号.破解版打开会出现这个对话框，关闭即可将序列复制至这个对话框点击新建.点

2、击 Add出现下面对话框，这里可以选择引物在序列哪些地方设计引物，我一般不更改，也就是引物可以设计在整个序列，你也可查一下序列有几个区，一般引物应该跨两个区。点击这个图标.之后点击 primer Parameters.这里可以设置退火温度、引物长度、产物长度等，我一般只是更改产物长度，我一般设为 100到 300bp，因为如果产物太大，在染料法中会影响扩增效率，.之后点击 Search 之后出现下面对话框点击 OK 出现下面引物序列.这个时候引物设计完成，我们需要对引物进行验证，我一般到NCBI（http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/）上验证，进去后点击最下面菜单中的 BLAST之后点击 Primer-BLAST点击这个图标点击这个图标.将前引物复制到图中位置将后引物复制（注复制前引物用 Copy Sense Primer，复制后引物用 Copy Anti-sence Primer 点击右键即出现复制菜单）后引物放到下图位置在这输入前引物.之后将图中位置的 homo sapiens 删除后输入 rat出现上图对话框时选择 Rattus（taxid：10114）之后点击 Get Primers在这输入后引物