医学分子生物学复习思考题及答案.doc

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1、医学分子生物学复习思考题及答案第十三章 真核基因及基因组1、 什么是基因组?答:基因组(genome)是指一个生物体内所有遗传信息总和。人类基因组包含了细胞核染色体DNA(常染色体和性染色体)及线粒体DNA所携带所有遗传信息。不同生物基因及基因组大小及复杂程度各不相同,所贮存信息量和质存在着巨大差异。2、 真核基因基本结构包括哪些?试述之。答:真核基因基本结构包括编码序列及非编码序列 编码序列(coding seguence):包括编码蛋白质及功能RNA(mRNA、rRNA、tRNA、特定小分子RNA)核苷酸序列。真核基因编码序列由外显子及内含子组成,外显子及内含子相间排列,称断裂基因。内含子

2、数目较外显子数少一个,组蛋白编码基因例外,不含有内含子。外显子决定表达蛋白多肽及RNA一级结构。因此,外显子序列结构通常比较保守,一个碱基突变常致基因功能改变,而内含子序列相对变异较大。每个内含子5末端和外显子相接处,常为GT,3末端和外显子相接处常为AG,这一共有序列是mRNA剪接加工时剪接识别信号。非编码序列(non-coding sequence):包括编码序列两侧(上游及下游)对基因表达具有调控作用一些调控序列:如启动子、增强子等外显子(exon);在基因序列中,出现在成熟mRNA分子上序列。内含子(intron):外显子之间、和mRNA剪接过程中被删除部分相对应间隔序列。3、 什么事

3、顺式作用元件?其化学本质是什么?顺式作用元件主要有哪些?答:非编码序列对基因表达起调控作用,又称调控序列。位于结构基因(编码序列)上游及下游,称它们为顺式作用元件(cis-acting element),包括启动子、增强子、沉默子、上游调控元件、加尾信号等。4、 真核基因启动子功用是什么?其位置如何?答:DNA分子上能介导RNApol和DNA结合并形成转录起始复合物序列,称之为启动子。大多数真核基因启动子都位于结构基因上游,启动子本身不被转录。但也有一些真核基因启动子DNA序列位于转录起始点下游,它们可以被转录,如编码tRNA基因启动子。5、 试述真核基因三类启动子?答:(1)类启动子:具有类

4、启动子基因主要编码rRNA,它能被 RNApol识别结合,转录产物是rRNA,类启动子结构特征是富含GC。(2)类启动子:具有类启动子基因主要编码mRNA(蛋白质)及一些小分子RNA。它能被 RNApol 识别结合,转录产物是mRNA及小分子RNA。类启动子结构特征是具有TATA盒。有类启动子在TATA盒上游还存在CAAT盒及GC盒(274) (3)类启动子:含有类启动子基因主要编码tRNA。此外,也编码5SrRNA,它能被 RNApol识别结合,转录产物主要是tRNA。其结构特征是含有A盒、B盒及C盒。 A盒:TGGCNNAGTGG B盒:GGTTCGNAACC6、试述增强子特点?答:(1)

5、效率:增强子是增强真核基因启动子工作效率顺式作用元件,是真核基因表达中最重要调控序列,它决定着基因表达水平。(2)位置:增强子既可在启动子上游(多数),也可在启动子下游,有增强子还可位于内含子中,因此,增强子作用不受序列方向影响。(3)距离:增强子和所调控基因之间距离可近可远,近几十个碱基,远可达数千个碱基。因此,它能进行远距离调控。(4)无基因特异性:一种增强子能对任何真核基因发挥作用,甚至病毒增强子在真核基因中同样能发挥作用。如病毒SV40增强子插入到真核-珠蛋白基因附近时,能使其转录效率增强200倍。7、什么是沉默子?答:沉默子是能抑制基因转录特定DNA序列,当其和相应反式作用因子结合时

6、,对基因转录起阻遏作用,使基因沉默。沉默子是负调控。8、真核基因组结构特点有哪些?答:(1)、真核基因组中编码序列所占比例远小于非编码序列:人基因组中编码序列仅占全基因组1%,一个基因全部序列中,编码序列只占5%。(2)、高等真核基因组含有大量重复序列:可占到全基因组80%以上,人基因组中重复序列可达50%以上。(3)、真核基因组中存在着多基因家族及假基因:人染色体基因组编码约2万2.5万个基因,其中存在着1.5万个基因家族。基因家族中有假基因(一个基因家族中,不具备正常功能家族成员称假基因。后述)。(4)、人基因组中大约60%能进行可变剪接,其中80%可变剪接会使蛋白质氨基酸序列发生改变,产

7、生功能相关不同蛋白质。(5)、真核基因组DNA和蛋白质结合形成染色体储存于细胞核内。9、什么是高度重复序列?按结构特点不同主要分为哪两种?试述之?答:重复频率可达106 以上,人基因组中约占20%,高度重复序列按结构特点不同主要分为二种:反向重复序列及卫星DNA 1、反向重复序列(Inverted repeat sequence) 反向序列:两段具有相同碱基顺序,彼此间存在碱基互补,在同一条DNA链上反向排列。也称回文结构。这两段反向互补序列组成一个重复单位,其长度约300bp。这种重复单位多数是散在分布于基因组中,其总长度约占人基因组 5% 。2、卫星DNA(satellite DNA) 重

8、复单位长度一般为210bp,呈串联状排列,也称短串联重复序列(STR)在人基因组中约占 5%6% 。 高度重复序列功用: 参和复制水平调节 参和基因表达调控 参和染色体配对调控10、什么是中度重复序列?根据重复片段长度不同又分为哪两种类?试述之。什么是Alu家族?什么是Kpnl家族?答:重复频率在数十次至数万次,重复片段大多数呈散在分布,和单拷贝基因间隔排列,少数呈串联状排列在某一区域。约占总基因组1%30%。 根据重复片段长短又可分为两种类型。 1, 短分散重复片段(序列):重复频率可达数万次,重复片段平均长度约300500bp,和平均长度为1000bp单拷贝序列间隔排列。如Alu家族等。2

9、,长分散重复片段:重复片段平均长度约3500bp5000bp,和平均长度为13Kbp单拷贝序列间隔排列。1,Alu家族:重复频率可达3050万次,Alu家族成员长度约300bp,和6kbp序列间隔排列。约占人基因组3%6%。由于300bp片段中,有限制性内切酶Alu酶切位点 AG CT,酶切后得到130bp及170bp。故称Alu家族。Alu家族是人基因组中含量最丰富一种短分散中度重复序列。 2,kpn家族:仅次于Alu家族,重复频率约30004800,重复片段长度约6.4Kbp,其中,含有限制性内切酶 kpn三个酶切位点,酶切后得到1.2Kbp, 1.5Kbp, 1.8Kbp和 1.9Kbp

10、 四个片段,故名 kpn家族.11、什么是单拷贝序列?答:单拷贝序列在单倍体基因组中只出现一次或几次,大多数蛋白质编码基因属于这一类,在基因组中单拷贝序列两侧常常是散在分布重复序列。单拷贝序列改变常常导致表达蛋白质结构和功能异常,临床多种疾病发生都和这种改变有关。12、什么是多基因家族?什么是假基因?答、多基因家族(multigene family):多基因家族是真核基因组结构另一特征,它是指某一祖先基因经过重复和变异所产生一组结构相似、功能相关基因。多基因家族中,不能表达蛋白质或功能RNA那个基因,称之为假基因。假基因往往缺少内含子。假基因产生可能是由原来有功能基因发生缺失、倒位或点突变,在

11、转录得mRNA后,经剪接修饰得mRNA,再经逆转录得到cDNA(无内含子),然后整合到染色体DNA中所致。13、线粒体DNA共编码几个基因?分别编码哪些物质?答:mtDNA 独立编码线粒体中一些蛋白质,mtDNA全长16569bp,共编码37个基因,其中13个编码 mRNA(mt-mRNA)。翻译出和呼吸链相关一些酶及蛋白质。22个编码mt-tRNA,2个编码mt-rRNA。第十八章 基因表达调控1、什么是基因表达?答、基因表达(gene expression)就是基因转录得相应RNA(mRNA),再翻译成多肽链并加工成具有特殊生物学活性蛋白质。有基因转录得功能RNA(rRNA、tRNA等)不

12、产生蛋白质这一过程,也属于基因表达。基因表达就是基因携带遗传信息表现为表型过程。2、基因表达基本特点(基本规律)有哪些?答:(一)基因表达具有时间特异性及空间特异性(二)基因表达方式多样性(三)基因表达受顺式作用元件及反式作用因子共同调节(四)基因表达调控呈现多层次和复杂性(五)基因表达调控是生物体生长和发育基础3、什么是基因表达时间特异性、空间特异性?答:1. 基因表达具有时间特异性(Temporal specificity):某一特定基因表达,是严格按照一定时间顺序发生。从一个受精卵发育成一个成熟个体,在各个发育不同阶段,各个基因都严格按照特定时间顺序开放表达或封闭,生物体表现为分化、发育

13、相应时间性。因此,基因表达时间特异性又称阶段特异性。又如甲胎蛋白(AFP),胎儿时,肝细胞活跃表达,成人后表达极低。患肝癌时这一基因又被激活表达。2. 基因表达空间特异性(Spatial specificity):同一机体不同组织细胞中都含有相同各种基因,但同一种基因在不同组织细胞表达情况不一样。如编码胰岛素基因只在胰岛细胞 中表达,和思维相关一些基因只在脑细胞中表达,和物质代谢相关一些基因主要在肝细胞中表达等。因此,基因表达空间特异性,也称基因表达组织特异性或细胞特异性。不同组织细胞表达差异,称差异性基因表达。机体内决定不同类型细胞,不是基因本身,而是基因表达模式不一样。4、 什么是管家基因

14、?什么是基本基因表达?答:(1)管家基因(house-keeping gene):这类基因在一个生物体所有细胞中都持续表达,变化较小,不易受内外环境影响,其表达产物对生物体全部生命过程都是必需,必不可少,称这类基因为管家基因。(2) 基本基因表达(组成性基因表达):管家基因表达称基本基因表达,它只受启动子及启动子和RNA聚合酶相互作用影响,而不受其他调节机制影响。如TAC中一些酶编码基因及其表达。5、什么是诱导表达?阻遏诱导?答:(1) 诱导表达:某些基因,在特定环境信号刺激下被激活,基因表达产物增加,这类基因称可诱导基因。可诱导基因表达过程称为诱导表达。如DNA损时,DNA修复酶基因被诱导激

15、活。 (2) 阻遏表达:某些基因,在特定环境信号刺激下,其活性被抑制,基因表达产物减少,这类基因称为可阻遏基因。可阻遏基因表达过程称为阻遏表达。如在细菌培养基中加入色氨酸时,细菌体内和色氨酸合成有关酶编码基因就会被抑制。6、什么是反式作用因子?基因表达调控分子基础是什么?答:反式作用因子(trans-acting facter):是一些蛋白质因子,它对结构基因表达起调控作用。编码反式作用因子基因位于远离结构基因同一条DNA链上,也可在另一条DNA链上。蛋白质-DNA以及蛋白质-蛋白质相互作用是基因表达调控分子基础。7、基因表达调控呈现在哪些层次?其中,最重要调控位点是什么?答、基因表达体现在基

16、因、转录及翻译,在这些层次上均存在基因表达调控机制,因此,调控表现为多层次和复杂性。 1. 基因调控(量和结构调控) (1) 基因拷贝数多,表达产物量也多。某种特定细胞能选择性扩增某个基因,于是,该基因相应蛋白质呈现高表达。 (2) 基因DNA甲基化,DNA重排等均可在基因信息水平上影响基因表达,以适应机能需要。2. 转录调控 (1) 转录过程多环节调节 (2) 真核生物转录得mRNA要进行加工修饰,如mRNA选择性剪接, mRNA编辑等,是基因表达调控重要位点。 (3) 成熟 mRNA从细胞核进入细胞液调控。 (4) 非编码RNA(如miRNA 即 微小RNA,micro-RNA )在转录水

17、平上对基因表达调控。3. 翻译调控 (1) 蛋白质合成过程调控:翻译起始,肽链合成延长是常见调控位点。 (2) 翻译后加工修饰调节:调节改变蛋白质结构(如水解肽段、磷酸化、羟基化等),从而调节蛋白质功能。 上述多层次复杂调控中,转录水平,尤其是转录起始水平调节是基因表达最重要调控点。8、原核基因结构特点有哪些?答:1. 基因组中很少有重复序列。 2. 结构基因连续排列,多为单拷贝基因,但编码 rRNA基因仍然是多拷贝基因。 3. 结构基因在基因组中所占比列较大,约50%,远远大于真核基因组。 4. 原核基因组中结构基因,多数是以操纵子为单位排列。操纵子是原核基因转录调控基本单位 5. 原核基因

18、可边转录边翻译。能在同一空间内完成,时间上差异不大。9、原核基因转录调控基本单位是什么?操纵子结构有哪些?分别简述之。答:操纵子(operon)是原核基因转录调控基本单位操纵子结构包括:结构基因和调控序列 1. 结构基因:由几种功能相关蛋白质结构基因串联排列而成,常称之为编码区。这些结构基因共同使用一个启动子及一个转录终止信号。 2. 调控序列:包括启动子、操纵元件及调节基因(稍远离结构基因)10、调节基因表达哪些蛋白质?这些蛋白质各有何作用?答:调节基因(I):位于结构基因上游稍远处,它编码三类蛋白质:特异因子、阻遏蛋白、激活蛋白 特异因子:它决定RNA聚合酶对一个或一套启动序列识别能力。

19、阻遏蛋白:能特异识别结合操纵元件(序列),抑制转录过程(负性调节) 激活蛋白:能和启动子上游邻近DNA序列结合,从而提高RNA聚合酶和启动子结合能力。增强转录活性。这种效应称之为正性调控(positive regulation)。如分解代谢物基因激活蛋白(CAP, Catabolite gene activator protein)就是典型激活蛋白11、乳糖操纵子结构包括哪些?分别试述之。答:乳糖操纵子(Lac operen)包括结构基因及调控序列 1. 结构基因:乳糖操纵子结构基因含有编码和乳糖代谢有关三种酶结构基因,即:Z基因、Y基因及A基因。 Z基因:编码酶是-半乳糖苷酶 Y基因:编码酶

20、是通透酶 A基因:编码酶是乙酰基转移酶2. 调控序列:包括 (1) 启动子(P) (2) 操纵序列(元件)(O) (3) 调节基因(I):I 基因表达产物阻遏蛋白和O序列结合,于是,RNA聚合酶不能滑向结构基因,操纵子不能转录而处于关闭状态。 (4) CAP结合位点:位于启动子上游,CAP结合该部位后,能增强转录过程。12、细胞周围环境中有乳糖时及无乳糖时,乳糖操纵子表达是如何调节?答:1. 细胞周围环境中不存在乳糖时:I 基因表达产物阻遏蛋白和O序列结合,阻碍RNA聚合酶和启动子结合及滑动,于是,转录终止,和乳糖代谢有关三种酶基因不表达。 2. 周围环境有乳糖时:乳糖代谢产物半乳糖,能和阻遏

21、蛋白结合,于是阻遏蛋白分子构象改变,随之和O序列分离,结果,RNA聚合酶能和P序列结合,并滑向结构基因,转录开放,表达出和乳糖代谢有关三种酶,对乳糖进行利用代谢。13、真核基因有哪些特点?答:(一)真核基因组远大于原核基因组 (二)真核哺乳类基因组中,编码蛋白质及功能RNA(rRNA、tRNA等)序列只占总基因组10%,其余90%基因结构序列中,包含有大量重复序列,功能至今还不十分清楚。 (三)真核生物编码蛋白质基因是不连续,由一些内含子间隔,故称为断裂基因(四)真核生物一个结构基因只转录生成一条mRNA(单顺反子),它包含一种蛋白质编码信息。即使蛋白质四级结构中不同亚基,都是由不同基因表达。

22、(原核结构基因转录生成一条mRNA ,称多顺反子,它包含了几种功能相关蛋白质编码信息) (五)真核基因在细胞核内和多种蛋白质结合构成染色质,染色质结构状况也直接影响着基因表达。 (六)真核生物基因信息不仅存在核DNA上,还存在线粒体DNA(mtDNA)上。14、染色质如何参和基因表达调控?答:(一)染色质结构致密,不易转录,染色质结构松弛,容易转录。在缺乏核小体结构“裸露”DNA链,特别容易转录,称之为转录超敏位点(hypersensitire site) (二)组蛋白修饰调节 1. 乙酰化修饰:组蛋白(主要是H3、H4)乙酰化修饰,使染色质由紧密变得松弛,有利于转录。2. 甲基化修饰:组蛋白

23、(主要是H3、H4)甲基化,使组蛋白和DNA亲和力增加,染色质变得紧密,不易转录。反之,去甲基化,则有利于转录 3. 磷酸化修饰:组蛋白磷酸化修饰能激活基因转录过程。15、什么是反式作用蛋白调控?答:反式作用蛋白特异地结合在相应顺式作用元件,通过DNA-蛋白质相互作用调节基因表达强弱,称反式调节作用,包括反式激活作用及反式抑制作用。编码反式作用蛋白基因位于远离被调控基因同一条DNA链上或位于另一条DNA链上。反式作用蛋白调控是真核基因表达调控最基本最主要方式。16、什么是顺式作用蛋白调控?答:基因表达某些蛋白产物,能特异识别结合这个基因自身顺式作用元件(调控序列),从而调节该基因表达,称之为顺

24、式调节作用。这个具调节作用蛋白质称为顺式作用蛋白17、什么是通用转录因子?什么是特异转录因子?答:通用转录因子(general transcription factor):这类蛋白质因子帮助RNApol和启动子结合,并起始转录过程,它们作用对所有基因转录都是必需。它们存在没有组织特异性,因此,对基因表达时间特异性及空间特异性并不重要。如TF D、TF H等。特异转录因子(special transcriprion factor):这类转录因子是个别基因转录所必需,它决定该基因表达时间特异性及空间特异性。这类转录因子有起转录激活作用,有起转录抑制作用,分别称为转录激活因子及转录抑制因子。转录激活

25、因子常常是一些增强子结合蛋白。转录抑制因子多数是沉默子结合蛋白。18、转录因子DNA结合结构域有哪些?简述之。答:(1) 锌指模体结构(p372):是一种蛋白质空间结构,外形似手指。它含有23个AA残基,形成一个-螺旋及两个反向平行折叠。 -螺旋上有二个组氨酸残基。每个-折叠上各有一个半胱氨酸残基。这四个氨基酸残基这四个AA残基通过配位键和锌离子相连,就形成了外形似指 结构。它插入DNA双螺旋大沟,从而实现转录因子和DNA结合 (2) 碱性螺旋-环-螺旋模体结构(bHLH ):它至少含有二个-螺旋及一小段短肽形成环所组成,其中一个-螺旋富含碱性氨基酸而显碱性,容易和带负电DNA结合。(3) 碱

26、性亮氨酸拉链(bZIP)模体结构:在其肽链C-末端AA序列中,每隔六个AA残基出现一个亮氨酸残基(疏水性),这段肽形成-螺旋时,亮氨酸有规律出现在-螺旋一侧。二个这种结构通过亮氨酸之间疏水作用结合成二聚体,外形如同拉链。这个二聚体N-末端富含碱性氨基酸,而显正电,容易和带负电DNA结合。19、mRNA稳定性受哪些因素影响?答:1. mRNA 5端帽结构对mRNA稳定性影响 mRNA 5端帽结构能增加mRNA稳定性,促进转录,其原因是: (1) 帽结构可对抗细胞内 5-核酸外切酶 对mRNA 降解作用 (2) 帽结构和帽结合蛋白结合,提高翻译效率 (3)帽结构促进mRNA从细胞核进入细胞质,便于

27、起模板作用2. mRNA 3端 polyA尾对mRNA 稳定性影响: 尾结构增加mRNA 稳定性,促进转录,其原因是:(1) polyA尾结构能防止3-核酸外切酶对mRNA降解 (2) polyA尾结构参和翻译起始过程 (3) 促进mRNA从细胞核转入细胞质 (4) mRNA 3 端常形成发夹式结构,能防止核酸酶攻击(水解) (5) mRNA 3端若是富含AU序列(ARE,AU rich sequence), 能促进使核酸酶切除 polyA, 使mRNA降解,因此,3 端含有ARE 区mRNA通常都不稳定。20、非编码小分子RNA主要有哪些?它们作用是什么?答:有siRNA (干扰小RNA ,

28、small interfering RNA)、mi RNA (微小RNA,micro RNA)、核酶、snRNA (细胞核小分子 RNA)等;它们都能抑制 mRNA,产生转录后基因沉默。21、eIF2磷酸化对翻译有何影响?举例说明之。eIF4E磷酸化对翻译有何影响?答:1. eIF-2磷酸化可抑制翻译起始,抑制翻译起始复合物形成。如干扰素作用机理是 dsRNA可激活蛋白激酶,进而促使eIF-2磷酸化,从而抑制蛋白质合成起始;又如血红素能促进珠蛋白合成是由于它能抑制蛋白质激活酶活性,使eIF-2 磷酸化水平降低。2. eIF-4E 及 eIF-4E结合蛋白 磷酸化能激活翻译起始,促进翻译起始复合

29、物形成,增强翻译过程。如生长因子能增加eIF-4E磷酸化,于是翻译加快,促进细胞生长22、举例说明RNA结合蛋白对翻译过程调节?答:RNA结合蛋白(RBP,RNA birding protein)能和 RNA 特异序列结合,从而参和调节翻译过程。如铁反应元件结合蛋白(IRE-BP)(IRE: Iron response element,铁反应元件)和mRNA结合后,能促进ALA合成酶合成等。23、miRNA对基因表达有何影响?miRNA特点有哪些?答:miRNA(micro-RNA,微小RNA)属于小分子非编码 RNA,长度约20个碱基,它和一些蛋白质共同组成 RNA诱导沉默复合体 RISC(

30、RNA-induced silencing complex),它能和mRNA结合,从而抑制 mRNA翻译功能。miRNA特点: (1) 长度为20-25个碱基。 (2) 在不同生物中普遍存在,昆虫、家鼠、人类乃至植物中均含有。 (3) 同一种类生物体内,其序列结构具有一定保守性,但动植物之间其序列结构不存在一致性。 (4) miRNA 表达具有明显时间特异性及空间特异性。 (5) miRNA基因以单拷贝、多拷贝或基因簇形式存在于非编码区,它具有高度多样性。24、siRNA 对基因表达有何影响?什么是RNAi?答:siRNA:干扰小RNA是由细胞内一类双链RNA(dsRNA, double-st

31、randed RNA),在特定条件下,由相应酶酶切作用,产生了特殊序列小片段dsRNA,长度约21-23碱基,称之为siRNA。这种双链 siRNA参和组成RISC,并能和特异靶 mRNA互扑结合,导致mRNA降解,阻断翻译过程。这种由 siRNA介导抑制基因表达作用,称之为RNA干扰(RNAi,RNA inlerference), 它被广泛用于基因功能研究及基因治疗。第二十章 常用分子生物学技术原理及应用1、 什么是核酸分子杂交?答:核酸分子杂交:根据核酸单链片段之间碱基互补而相结合原理,用一已知碱基顺序DNA或RNA单链片段作为探针来检测未知待测DNA或RNA中核苷酸顺序。若对探针进行标记

32、,根据有无标记信号而确定有无杂交体存在。又根据探针碱基顺序,按碱基配对规则就可以测定待测DNA或RNA碱基顺序。2、 什么是核酸探针?核酸探针来源有哪些?探针标记方法有哪些?答:(1)核酸探针:核酸探针是一已知碱基顺序DNA或 RNA单链片段,它能和待测 DNA或RNA 按碱基配对规则进行杂交反应。为了便于观察是否发生杂交反应以及杂交反应位置及强弱,必须对探针进行标记,从而确定待测核酸(基因)是否存在,进而确定待测核酸碱基顺序。(2) 核酸探针来源 人工合成:用核酸合成仪按预定目标合成一已知碱基顺序寡核苷酸片段,常用是DNA片段。 从基因组获得:用 PCR法扩增基因组中某个基因片段。 cDNA

33、探针:从真核细胞液中提取mRNA,经逆转录得到CDNA, 用cDNA全长或其部分片段作为探针。 RNA探针:由于RNA不太稳定,常较少用。(3) 探针标记 放射性核素标记:用放射性同位素标记探针,检测标记信号,采用放射性自显影法。 荧光染料标记:用荧光染料物质(如溴乙锭等)标记探针,检测标记信号:能直接看到荧光 或采用特殊仪器收集荧光信号信息(如基因芯片用激光共聚集扫描收集荧光信号)。 生物素标记探针:用生物素标记探针。检测标记信号:生物素分子上连接有特定酶,加入相应底物后,通过特定酶催化反应过程,产生具有一定有色物质。3、 什么是Southern印迹?有何应用?简述Southern blot

34、ting 基本过程原理?答:DNA印迹(DNA blotting)也称southern blotting,是 E.Southern 最先发明使用于检测DNA,顾称之。其具体过程原理是: (1) 将待测DNA用限制性核酸内切酶酶切水解得到大小不同DNA片段。(2) 将这些片段进行琼脂糖凝胶电泳,大小不同DNA片段停留在凝胶板上不同位置形成不同区带。 (3) 将含不同DNA片段凝胶板放到DNA变性溶液(如0.5mol/L NaOH等)中进行变性处理,使双DNA成为单链DNA (4) 将凝胶板上变性DNA转移到硝酸纤维膜(NC膜 ,Nitrocellulose)上:用多量吸水纸吸附毛细管作用,使凝胶

35、板上DNA转移至NC膜上,由于NC膜具有很强吸附DNA作用,一旦胶板上DNA转移到NC膜上时,就能牢固吸附在膜上,并保持原来位置不发生变化。(5) 将转移后NC膜经80真空加热或紫外交联仪处理,DNA就能非常牢固固定在NC膜上,便于进行杂交。 (6) 杂交反应:将标记探针和NC膜进行杂交,68杂交12小时。 (7)杂交信息监测:放射自显影或荧光信号监测确定有无杂交体、杂交体位置及强弱。应用:根据探针碱基顺序确定目基因碱基顺序,对相关基因进行定性分析,还能进行定量析,以及对重组质粒进行分析等。4、 什么是Northern印迹?有何应用?Northern印迹和Southern印迹有何异同?答:RN

36、A印迹(RNA blotting)也称Northern Blotting,其基本过程及原理和Southern blotting 相同,只是监测对象由 DNA换成 RNA。由于被检测RNA分子较小,常无需限制性内切酶来酶切。电泳RNA转移至NC膜上以及杂交信息检测,都和Southern blotting 相同。由于RNA极不稳定,易受RNA酶降解,因此实验过程中要加入RNA酶 抑制剂DEPC(焦磷酸二乙酯,diethlpyrocarbonate)应用:主要用于RNA定量分析 (1) 检测组织细胞中某一已知特异 mRNA表达水平 (2) 比较不同组织细胞中同一基因( mRNA )表达情况5、 什么

37、是Western印迹?有何应用?Western印迹基本过程原理是什么?答:蛋白质印迹常称为Western blotting(和Southern blotting, Northern blotting 相对应)。由于检测蛋白质不是用探针,而是用该蛋白质特异相应抗体。因此,也称免疫印迹(immoublotting)。1. 实验原理: (1)将混合组分蛋白质通过聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)将各组分逐一分开停留在凝胶不同区带 (2)通过转移电泳方法(和DNA,RNA转移方法不同)将凝胶板上各组分蛋白质转移至NC膜上。(3)用被检蛋白质相应特异性抗体(称第一抗体)和NC膜上各组分蛋白质进行免疫反应。于

38、是,特异性抗体就和NC膜上相应特异性蛋白质结合成抗原抗体复合物。(4)用和第一抗体相对应特异性第二抗体,将它进行碱性磷酸酶标记或辣根过氧化物酶标记或放射性核素标记。将这种标记第二抗体和第一抗体抗原复合物反应。于是标记了第二抗体就和第一抗体进行特异性结合。形成了三种物质三元复合物。(5)印迹信号检测: 显色检测:加入相应底物,在碱性磷酸酶或辣根过氧化物酶作用下,使底物反应产生具有一定颜色物质。 放射性自显影检测:用于放射性核素标记信号检测。2.应用: (1)蛋白质特别是微量蛋白质定性检测:一复合物组分蛋白质中含有微量目蛋白质时,可用Western blotting 进行定性检测。 (2)特异蛋白

39、质半定量分析:特异蛋白质经蛋白质印迹质显色后,和标准量蛋白质比较,经扫描方法可进行半定量测定。6、 什么是斑点印迹(DNA点杂交)?什么是细胞原位杂交?答:斑点印迹(dot blotting):将待测DNA或RNA,不需经电泳分离直接点样在NC膜使之呈点状。再用标记已知碱基顺序探针和之杂交。如出现阳性杂交体,根据探针碱基顺序,按碱基配对规则就可确定待测DNA或RNA存在以及它们含量。细胞原位杂交(ISH,in situ hybridigation):用组织切片或细胞涂片或细胞印片,对其进行一定处理,使细胞膜通透性增加,用标记探针和之杂交,在细胞DNA原位置处形成杂交体。常用于肿瘤基因诊断。7、

40、 什么是PCR?基本原理是什么?答:PCR (polymerase chain reaction) 称聚合酶链反应,是由美国生化学 Mullis 于1983年创建方法。使一个基因片段在试管内经 2-3小时反应后,其拷贝数可增加至百万倍以上,不需要经复杂分子克隆技术就可得到基因片段大量拷贝,使得过去很多不能进行分子生物学实验得以顺利进行。PCR基本原理 利用DNA半保留复制原理结合体外DNA在不同温度下变性、复性原理建立了高温变性、低温复性、适温(称延伸温度)下合成链延伸三步连续反应不断循环: 1,高温变性:94左右时,双链DNA中两条单链之间氢键断裂,解开成两条单链,便于起模板作用,但又不影响

41、3,5-磷酸二酯键稳定性。此温度时,单链DNA引物自身间聚合也完全解开,引物便于充分发挥作用。2. 低温复性,便于DNA单链引物和单链模板DNA之间结合:在55左右时,一对(两条)小DNA单链引物中,一条引物和一条模板链3端互补结合。另一条引物和另一条模板链两条3端互补结合。 3. 适温下DNA链合成延伸:在72左右时,在耐热DNApol( Taq DNApol )催化下,以四种dNTP为原料,从引物3-OH上开始延长合成DNA上述三步连续反应组成一轮(个)循环,上一轮循环产物又可作为下一轮循环模板。三步连续反应不断循环,经过 25-30 轮循环后,扩增基因片段拷贝数可达到百万倍以上。扩增DN

42、A片段长度基本是两条引物 5端之间 DAN片段。8、 PCR引物应具备哪些条件?答:1、PCR引物为一对(两条)DNA单链:其中一条引物和模板双链DNA中一条模板单链3端相应部位碱基互补。另一条引物和另一条模板单链3端互补结合。 2、引物长度:约15-20个核苷酸。 3、引物和模板DNA非扩增区不应该存在碱基互补,否则,将产生一些非特异性扩增产物。4、引物 3端碱基,一定要和模板互补,否则将不产生延伸效应。 5、引物 5端碱基和模板互补要求不十分严格,甚至可游离十几个碱基而不影响 PCR 扩增反应。 6、PCR扩增片段长度:复性时两条引物 5端之间DNA片段。9、 PCR主要用途有哪些?试述之

43、。答:(一)获得目基因,用于目基因克隆 根据目基因两端碱基顺序,设计合成一对引物从基因组DNA 或 cDNA中进行 PCR扩增,获得目基因片段。(二)体外基因定点突变 根据对突变要求(点突变、缺失突变等)设计合成相应突变引物,然后进行分段PCR扩增,最后将分段扩增产物再融合扩增。于是定点突变(引物)就嵌入到基因组中。(三)对微量DNA及RNA进行分析 在PCR未出现之前,由于微量DNA信号太弱,不易进行分析 。PCR具有高度敏碱性,微量DNA(哪怕是一滴血或一根头发中一个DNA分子)经PCR扩增后可得到基因大量拷贝,便于进行定性及定量分析。这在基因诊断、法医中犯罪对象认定及亲子鉴定等方面,都有

44、广泛应用前景。(四)DNA序列测定 从基因组DNA经PCR扩增得相应目DNA片段后,通过DNA自动测序仪或手工操作法进行DNA直接测序。也可用核酸杂交等方法进行间接测序。(五)基因点突变分析 1,引物特异性PCR2,PCR-SSCP(单股链构象多态性) 3,等位基因特异性寡核苷酸探针分析(PCR-ASO) 4,基因芯片技术10、 什么是引物特异性PCR?什么是PCRASO?答:(1)、引物特异性PCR:从基因组DNA经PCR扩增得到目基因,针对目基因突变点碱基性质设计合成 3 端和之互补引物,又进行PCR扩增,于是,突变阳性基因有扩增产物,突变阴性基因,没有扩增产物,称之为引物特异性PCR。等

45、位基因特异性寡核苷酸探针分析(PCR-ASO): (2)、PCR 扩增突变基因,合成针对突变点探针,将它和扩增产物杂交,杂交阳性说明有相应基因突变存在。11、 什么是RTPCR?什么是原位PCR?答:(一)RTPCR(逆转录PCR) RTPCR(reverse transcription PCR)是将 RNA 逆转录反应和 PCR反应联合应用一种技术。首先,以RNA为模板,经逆转录得到cDNA,再以cDNA为模板,经 PCR 扩增目基因。目前,RTPCR是真核细胞mRNA进行定性及半定量分析有效方法。(二)原位PCR 原位PCR(in situ PCR)是在组织切片或细胞涂片细胞内进行PCR。

46、对扩增产物用特异性探针和之进行原位核酸杂交,从而检测出待测DNA或RNA存在以及存在部位。虽然这种方法灵敏度不高,但它是目基因定位一个最佳方法。12、 非探针类实时荧光定量PCR基本原理是什么?答:原理:在常规PCR时,加入特殊荧光染料SYBR Green,这种染料能和双链DNA小沟区域结合。当这种染料未和DNA结合处于游离状态时,荧光信号强度极低。一旦它和双链DNA通过小沟区域结合后,荧光信号大大增强,约为游离时1000倍。PCR扩增产物双链DNA越多,荧光信号就越强,下一轮循环变性时,双链DNA能形成单链,荧光近消失,待这一轮循环结束,产生双链DNA时,又出现大量荧光。这样,实时记录了荧光量即DNA量。13、 探针类实时荧光定量PCR有哪三种?试述TaqMan探针法基本原理。答:根据使用探针不同又分为:TagMan探针法,分子信标探针法及荧光共振能量转移探针法。TaqMan探针法基本原理:在常规PCR反应体系中,加入一条能和模板DNA特异结合TagMan探针,这个探针5端标记有荧光报告基团R(reporter, R),3端标记有荧光淬灭基团Q(quencher,Q)。当探针上报告基团R及淬灭基团Q同时存在时,无荧光信号释放。当R基团和Q基团分离时,R基团便能产生荧光信号。PCR扩增时,DNA链合必延长,当遇到和模板DN

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