pubmed的使用方法.pdf

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1、近年来，利用计算机进行文献检索已逐步代替传统的手工检索，随着 Internet 的普及，我们可以随时随地通过国际互联网来检索获得免费的医学文献，这是一条文献检索新捷径1，特别是进行 MEDLINE 检索，既简单又实用2。现在有多个机构提供免费的网上 MEDLINE 检索服务，其中由美国国立医学图书馆（NLM）所属的国家生物技术信息中心（NCBI）建立的 PubMed 数据更新快3，检索系统完善，深受广大医务工作者和图书情报人员的欢迎。由于 PubMed 检索系统在不断完善和加强，要快速、全面、准确地在近 4千种医学期刊、1千1百万条数据中检索出符合自己要求的资料4，并不容易。下面介绍最新版本（

2、2000年9月版）的PubMed 使用方法。1.1. 进入进入 PubMedPubMed在 浏 览 器 的 地 址 栏 内 输 入Pubmed的网 址 ：http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/PubMed/ 后按回车键，就进入 PubMed 的主页，开始检索。2.2. 普通检索普通检索在检索式提问框中输入一个或更多的词（例如：vitamin c common cold） ，然后按回车键或用鼠标点击Go按钮， PubMed 就会利用自动词语匹配功能将重要的词或词组用AND组合在一起进行检索（见图1） 。输入的词可以是自由词、主题词、或其他指定字段。由于主题词检索的文献更全面、更准

3、确，应尽量使用主题词/副主题词检索。对于某些新的技术词汇、新药、新方法、新疾病等，还没有相应的主题词时，应该用自由词检索。3.3. 高级检索高级检索使用逻辑词 AND, OR, NOT（例如：vitamin c OR zinc） 、指定文献记录字段名称检索、 使用医学主题词 （MeSH） /副主题词组配格式检索， 如 neoplasms/diettherapymh 。不久返回检索结果，检索提问框仍出现在页面顶端，并显示您刚才输入的检索词。您可以在提问框内、点击 Details或Limits按钮再修改检索词。3.1 PubMed 检索规则和语法布尔运算符 AND，OR，NOT 必须大写，例如，v

4、itamin c OR zinc；PubMed 从左至右进行布尔运算。不过，你可以通过加圆括符改变运算顺序，如common cold AND (vitamin c OR zinc) 。括弧内的字段是作为一个整体来处理的。如果输入的字段含有主题词组，PubMed 优先按词组检索。如果不希望这样， 应该加布尔运算符。 例如输入： air bladder fistula， PubMed 会将air bladder作为词组。此时应输入：air AND bladder AND fistula。字段标记符 （tag） 使用规则： 只能在词后加字段标记符， 如： romatherapymh，必须用封闭的方括

5、弧 ，大小写和空格会被忽略，如crabs mh =CrabsMH。日期格式： 采用 YYYY/MM/DD DP 格式， 如1998/03/06dp ， 1999/10EDAT。月和日可以不写。输入日期范围则用冒号连接，如1996：1998dp ，1998/01：1998/04dp 。日期字段标记符有3个：Date of Publication DP ：出版日期Entrez Date EDAT ：进入 PubMed 的日期。MeSH Date MHDA：该引文被 MeSH 主题词编入索引的日期。期刊标记符有3个：jsubseta - Abridged Index Medicus 只检索医学索引的

6、期刊jsubsetd - Dental 只检索牙科文献索引的期刊jsubsetn - Nursing 只检索护理学索引的期刊例如: neoplasms AND jsubseta检索须有摘要的文献，使用 hasabstract。如: neoplasms AND hasabstract检索印刷前的引文，使用pubstatusaheadofprint。例如: pubstatusaheadofprint AND gene3.2. PubMed 的检索语法检索语法格式是：检索词tag 布尔运算符 检索词tag例如：要检索作者 Dr. Crick 在1993年撰写的关于 DNA 的文献，格式是：dna m

7、h AND crick au AND 1993 dp要检索关于热或潮湿与多发性硬化的关系，格式是：(heat OR humidity) AND multiple sclerosis检索学龄前儿童哮喘治疗的英文综述文献，格式是：asthma/therapy mh AND review pt AND child, preschool mh AND englishla3.3 作者姓名检索输入作者姓名时应采用姓+名(名的首字母缩写，不用标点符号)的格式，例如 SmithJA。 PubMed 将自动地截取作者姓名中名的首字母以适应不同的名缩写。如果只输入作者的姓，PubMed 会在包括作者字段在内的所有

8、字段进行检索，但如果作者的姓是一个 MeSH 词的时候除外， 例如输入 Yang,则 PubMed 将只检索：Yin-YangMeSH或 YangText Word 。此外，如果使用双引号将作者的姓全称和名的第一个首字母引起来， 并用作者检索字段标识符 au 限制， 如smithjau ，PubMed 将关闭自动截词，且检索姓名中名只有一个字母缩写的作者。3.4 期刊名检索包括期刊名全称（如 molecular biology of the cell） 、期刊名 MEDLINE 缩写（如 mol biol cell ） 、国际标准连续出版物号（ISSN，如1059-1524） 。例如，如果输入

9、New England Journal of Medicine，PubMed 将按N Engl J Medta查询。应注意： 如果杂志名也是一个 MeSH 词，例如 Gene Therapy, Science, 或 Cell，PubMed 只会按 MeSH 词来检索， 要想检索杂志名， 必须加字段标记ta， 如 genetherapy ta。 对一个单词的杂志名，也必须加字段标记ta。 尽量使用期刊名全称和期刊名 MEDLINE 缩写检索，在早期的文献中，ISSN 号是不能保证检索完全的。 如果杂志名带有参数或引号， 应该去掉这些参数或引号， 如： J Hand SurgAm应该以 J Han

10、d Surg Am 键入。3.5 截词检索可以在词尾加*号，来检索有一样词头的所有词， 如输入 bacter*，则会检索 bacter, bacteria, bacterium, bacteriophage 等词，但不会检索带有空格的词组，如 bacteria control。PubMed 只能检索前150个相符合的词。此外，截词检索将关闭自动词语匹配功能，也不能进行扩展检索。如：heart attack*不会匹配MeSH 词，也不会扩展检索myocardial infarction、myocardial stunning、shock、cardiogenic 这些方面的文献。3.6 强制词组检

11、索（规定 Pubmed 检索一个词组）一般情况下，如果 PubMed 检索在常用词组列表中已有的词组，如 poi-sonivy， PubMed 就会把它作为一个词组来检索。 但有时 Pubmed 可能找不到相应的词组，如果输入的词组，在 PubMed 的词组表中没有时，PubMed 会拆分词组，如您输入：single cell，PubMed 会分成 single 和 cell 分别检索，如要强制检索 single cell，必须加双引号，使得 PubMed 将其当作一个词来进行检索，即写成 single cell。 需注意的是， 使用双引号规定 PubMed 进行词组检索， PubMed就不会

12、执行自动词语匹配功能和扩展检索功能。3.7 检索细节点击 Details 按钮，可以查看和编辑检索情况，即可以增加或删除检索词，如图2。还可以从检索细节窗口保存检索项目：点击 URL 按钮后，用浏览器的书签（或收藏夹）菜单将目前的检索项目作为 URL 地址以书签形式保存，以便下次再检索。4.4. 限定检索（限定检索（LimitsLimits）如图3，可以对多个选项限定检索，以缩小检索范围，提高检索准确率。完成后将出现如图4的核对框，显示限定的字段。限定字段检索的项目有：4.1 字段选择可选择：所有字段（All Fields） 、作者地址、作者姓名、期刊名、ISSN 号码、语种、MeSH 词、副

13、主题词、页码、出版日期、自由词、标题词、期刊卷号、数据库更新代码、物资名称等 22 个选项，默认选项为All Fields。4.2 必须有摘要的文献（Only Items with Abstracts ）为复选框，选中后检索出的文献均有摘要。注意1975 年前的文献是没有摘要的。4.3 出版形式（Publication Types）包括：Clinical Trial 临床试验Editorial 编辑按语Letter 读者来信Meta-Analysis 荟萃分析Practice Guideline 实践指南Randomized Controlled Trial 随即对照试验Review 综述4.

14、4 出版语种（Languages ）PubMed 引用了近 40 种语言的期刊。 但下拉式菜单中只有最常检索的几种语言供选择：英语、法语、德语、意大利语、日语、俄语和西班牙语。如您没有限制语言， PubMed 会检索所有语种出版的文献。语种的字段标记符一般取英文的前3 个字母表示，如汉语为chi，德语为ger，但日语例外，为jpn。4.5 年龄（Ages ）可在下拉式菜单中选择其中一项。All Infant: birth-23 month 出生到 23 月龄的婴儿All Child: 0-18 years 018 岁的儿童All Adult:19+ years 所有成年人（19 岁以上）New

15、born: birth-1month 新生儿（出生到 1 个月）Infant: 1-23 months 婴儿Preschool Child: 2-5 years 25 岁的学龄前儿童Child: 6-12 years 612 岁儿童Adolescent: 13-18 years 青春期 1318 岁Adult:19-44 years 1944 岁成年人Middle Aged:45-64 years 4564 岁Aged:65+ years 65 岁以上80 and over: 80+ years 80岁以上4.6 性别（Gender）4.7 人或动物（Human or Animal）4.8 子

16、项（Subsets ）包括： 目前有 9 个数据库或过滤检索系统可选： AIDS、 AIM、 Dental、 MEDLINE、 Nursing、PreMEDLINE 、Publisher、PubRef、Toxicology。其中MEDLINE, PreMEDLINE和出版商直接提供的电子出版物文献（ Publishers）较常用。4.9 文献进入 MEDLINE 的时间有 30 天、60 天、90 天、180 天、1 年、2 年、5 年和 10 年选择。4.10 出版或进入 MEDLINE 的时间段应输入时间范围。按照年/月/日的格式。5. 利用预览利用预览/ /索引（索引（Preview/I

17、ndexPreview/Index）检索）检索使用预览/索引可以：预览检索出的文献数量，加快显示速度、一次性地增加检索词来精确检索、增加检索词来检索某些特殊领域、从索引中查看和选择检索词。例如：要检索以chickenpox为头的 MeSH 词，先选择在下拉式菜单的MeSH Terms， 在检索框内输入 chickenpox， 再点击 Index 按钮。 滚动索引 Index窗，高亮显示chickenpox vaccine，点击 AND 按钮，Chickenpox vaccine 就会出现在检索提问框内（图 5） 。注意： Preview/Index 只能显示最近三次检索的预览结果。而历史（Hi

18、story）窗口能显示多达过去 100 次的检索请求。6.6. 利用历史记录（利用历史记录（HistoryHistory）检索）检索PubMed 能保存您所有的检索请求和结果。历史窗口显示检索序号、检索请求、检索时间、检出的文献数（图 6） 。点击检索结果数字，可以阅读检索出的文献。也可以将历史检索合并， 重新检索。 方法是在检索序号前加#号， 如 #2 AND #6, 或 #3 AND(drug therapy OR diet therapy)。再按 Go 按钮开始重新检索。注意: 历史记录最多保存 100 条。若PubMed 停止使用 1 小时，历史记录就会被删除。PubMed 是利用 c

19、ookies 来保存检索历史的，要使用此功能，您的浏览器必须设置为accept cookies。7.7. 利用剪贴板（利用剪贴板（ClipboardClipboard）检索）检索方法与利用历史记录检索相同，见图7。注意：剪贴板最多可加入500条检索。若PubMed 停止使用1小时，剪贴板记录就会被删除。PubMed 是利用 cookies 来保存剪贴板记录的，要使用此功能，您的浏览器必须设置为accept cookies。 可对剪贴板内的检索项目再检索，如要限制为检索英文文献，可以这样： #0 AND english la。这不会影响或替代剪贴板内容。8.8. 检索结果的处理检索结果的处理8.

20、1 显示（Displaying）在检索窗输入检索词后进行检索， PubMed 最初返回是检索结果是文献题录格式，不含摘要，如图 7、8。如需查看摘要，点击 Display 按钮即可。PubMed默认以概要 （summary） 形式显示检索出的文献。 也可以选择其他几种显示形式：大纲（Brief） ，文摘（Abstract）,引文（Citation）, MEDLINE and ASN.1。方法：显示某篇引文：单击蓝色的有下划线的作者名，显示该篇的摘要等。显示所有引文：先在下拉式菜单里选择显示形式，再点击 Display 按钮。显示所选的引文： 先选中作者名前是选择框，在下拉式菜单里选择显示形式，

21、再点击 Display 按钮。8.2 显示形式主要有以下几种形式：概要 （Summary） ： 显示作者名， 题目， 期刊名， 记录状态 （Record Status） ,非英语文献语种提示， 文献类型 （综述） ， 无文摘提示 （No abstract available） ，PubMed 和 MEDLINE 统一标识码。大纲（Brief） ：作者名，文献题目的前 30 个单词，统一标识码。摘要（Abstract） ：显示期刊名，记录状态（Record Status）, 非英语文献语种提示，文献类型（综述） ，作者名，作者所属单位，题目，文摘（如果有的话） ，错误（Erratum） ，收回（

22、Retraction） ，注释（ Comments） ， PubMed 和MEDLINE 统一标识码。引文（Citation） ：在摘要（Abstract）形式上增加显示 MeSH 词、作为文献标题的人名（Personal Name as Subject）,化学物质、研究项目批号、SI 数据库进入号码。MEDLINE ：完全 MEDLINE 记录形式，可以下载检索出的文献到某些检索软件再处理。ASN.1 ：ASN.1 (1号文摘语法符号)是一个通用于各种计算机平台检索的国际标准。XML/SGML ： 即扩展标记语言， 是由国际互联网联盟(W3C)维护的一种标准，它定义用于信息结构的标记语言的语

23、法规则。其显示形式与 HTML 相似。8.3 纯文本形式（Text）点击 Text 按钮，可以显示纯文本形式。要回到 PubMed 显示形式，按浏览器的 Backup 按钮就可。8.4 每页显示文献数（Show）PubMed 默认每页显示 20 篇文献，点击 Show 按钮， 可以改变每页显示数。8.5 保存（Saving）可以保存检索出的全部文献或所选的部分文献。注意:在当前页点击保存按钮，可以保存检索的所有的文献，尽管其他页的文献还没有显示。最大保存量是 10,000 篇。默认的保存文件名是 query.fcgi。如果需再在文本编辑器或其他软件编辑和打印，可以改变文件名或保存为存文本格式.

24、txt 格式。要以超文本标记语言格式 HTML 保存，应使用浏览器的另存为（ Saveas.）命令。8.6 链接（Links）相关的 PubMed 文章链接，点击 Related Articles按钮。外部链接（LinkOut） - 可以链接相关的出版商、赞助者、图书馆、生物系数据库、 sequence centers, 和其他的网络资源。这能帮助你得到全文、有关资料，如消费者的健康信息。9. PubMed9. PubMed 的其他服务的其他服务在 PubMed 主界面的左侧目录栏里提供了PubMed 的其他功能或服务。9.1 期刊浏览器（Journal Browser）可以查阅期刊全名、期刊

25、名缩写、 ISSN 号，并且可以下载全部期刊名称表。 也可以使用通配符？、扩张符*进行查找。9.2 MeSH 词浏览器可以输入主题词或关键词进行查找。若输入的检索词不是主题词， PubMed 会自动指引到正确的主题词，比如输入stroke（中风） ，PubMed 会告知 stroke 不是一个主题词，而是与主题词Cerebrovascular Accident相关联的词，并对该主题词作简单解释，建议以该主题词检索。今年 MeSH 已有 19000 多个主题词、82 个副主题词，加上词组搭配，已经有30 多万个词和词组。下面列出康复医学有关康复治疗的主题词， 疾病名称和症状的主题词太多， 这里从略。值得注意的是，我们习惯称短波、超短波、微波疗法为高频电疗，但其主题词并不是Electric Stimulation Therapy，而是Diathermy（透热疗法） 。