DS使用教程 .docx

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1、精品名师归纳总结小分子DS2.5 使用教程可编辑资料 - - - 欢迎下载精品名师归纳总结1. 画图 :小分子结构用 chemidraw 画好。另存为 mol 格式，文件名不支持中文。 Check 快捷键为 V2. 启动 DS2.5 打开小分子File open留意:3.Minimization搜 Minimization单击 Tools中的 Minimization ，屏幕左侧， Tools栏开放Simulate structures：Forcefield：选 CHARMm可编辑资料 - - - 欢迎下载精品名师归纳总结单击 ApplyForcefield单击开放区最下方 Minimizat

2、ion4. 预备搜 prepare单击 protocols下的 prepare Ligands屏幕左侧开放双击屏幕左侧开放区prepare Ligands屏幕右下角显现 prepare Ligands 的相关表5. Run（ F5）可编辑资料 - - - 欢迎下载精品名师归纳总结Job 提示运行结果双击查报告可编辑资料 - - - 欢迎下载精品名师归纳总结蛋白质1. 蛋白质从 http:/www.rcsb.org/pdb下载，或在 DS 中用 open URL功能输入 protein ID 号2. 打开（同小分子）3. 去水：选中左任务栏中的 water， Delete4. 加 H ：点 ch

3、emistry到 Hydrogens到 H Add可编辑资料 - - - 欢迎下载精品名师归纳总结5. 预备搜 prepare 命令，单击 Protocols中的 prepare protein命令区开放， 双击 prepare protein，单击 Run（F5），右下角 Job 区显示进程，sucess后可双击看结果6. 定义活性位点（1） ）选中配体小分子（假如有）（2） ）搜 define 命令（3） ）Tools中单击 define and edit binding site下面的 define sphere from selection可编辑资料 - - - 欢迎下载精品名师归纳总结7. 删除活性位点原有的配体小分子否就无法对接可编辑资料 - - - 欢迎下载精品名师归纳总结8. 对接搜 cdocker命令点 Protocols中 Receptor-Ligand Interactions下面的 Dock Ligand（s开放左侧栏双击 Protocols中的 Dock Ligands（CDOCKER ） 右下侧表中 Input Receptor：选 proteinInput Liands：选小分子Input site sphere确定要选上9.RunCDOCKER ）可编辑资料 - - - 欢迎下载精品名师归纳总结可编辑资料 - - - 欢迎下载