2022年DS使用教程.docx

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1、精品学习资源小分子DS2.5 使用教程欢迎下载精品学习资源1. 画图 :小分子结构用 chemidraw 画好；另存为 mol 格式，文件名不支持中文； Check 快捷键为 V2. 启动 DS2.5 打开小分子File open留意:3.Minimization搜 Minimization单击 Tools中的 Minimization ，屏幕左侧， Tools栏开放Simulate structures：Forcefield：选 CHARMm欢迎下载精品学习资源单击 ApplyForcefield单击开放区最下方 Minimization4. 预备搜 prepare单击 protocols下

2、的 prepare Ligands屏幕左侧开放双击屏幕左侧开放区prepare Ligands屏幕右下角显现 prepare Ligands 的相关表5. Run（ F5）欢迎下载精品学习资源Job 提示运行结果双击查报告欢迎下载精品学习资源蛋白质1. 蛋白质从 http:/www.rcsb.org/pdb下载，或在 DS 中用 open URL功能输入 protein ID 号2. 打开（同小分子）3. 去水：选中左任务栏中的 water， Delete4. 加 H ：点 chemistry到 Hydrogens到 H Add欢迎下载精品学习资源5. 预备搜 prepare 命令，单击 Pr

3、otocols中的 prepare protein命令区开放， 双击 prepare protein，单击 Run（F5），右下角 Job 区显示进程，sucess后可双击看结果6. 定义活性位点（1） ）选中配体小分子（假如有）（2） ）搜 define 命令（3） ）Tools中单击 define and edit binding site下面的 define sphere from selection欢迎下载精品学习资源7. 删除活性位点原有的配体小分子否就无法对接欢迎下载精品学习资源8. 对接搜 cdocker命令点 Protocols中 Receptor-Ligand Interactions下面的 Dock Ligand（s开放左侧栏双击 Protocols中的 Dock Ligands（CDOCKER ） 右下侧表中 Input Receptor：选 proteinInput Liands：选小分子Input site sphere确定要选上9.RunCDOCKER ）欢迎下载精品学习资源欢迎下载